Im Jahre 2067 entscheidet sich Japan aus den Vereinten Nationen auszutreten. Durch geschlossene und stark bewachte Grenzen sowie einem magnetischen Schutzschild, der das Land selbst für Satelliten uneinsehbar macht, isoliert sich Japan vollständig vom Rest der Welt. 2077 erhält die NATO einen Bericht über eine neue Superwaffe der Japaner und deren Plan, damit die Welt zu erobern.

Die Erde der Zukunft wird beherrscht und ausgebeutet vom Industriekonzern Shinra und dessen Söldnern. Zuletzt sind auch Shinra mächtige Gegner erwachsen, sowohl in Form rühriger Revolutionäre als auch in Gestalt des über wundersame Kräfte verfügenden Ex-Söldners Sephiroth. Seit letzterer von Widerstandskämpfer Cloud zur Strecke gebracht wurde, herrscht so etwas wie Waffenruhe vor dem Sturm, die nun gestört wird, als ein Rebell namens Kadaj die Widerauferstehung des Sephiroth betreibt.