Jahre nachdem für das Aquatica-Projekt genetisch veränderte Haie genutzt wurden, um eine Heilung für Alzheimer zu entwickeln, sollen die Forschungen wieder aufgenommen werden. Ungeachtet der Tragödie, die damals zum Abbruch führte... Der Pharma-Milliardär Carl Monroe (Michael Beach) treibt die Experimente in einem Unterwasserlabor voran und hat mit Ex-Navy-SEAL Trent Slater (Rob Mayes) und den Wissenschaftlern Daniel (Jeremy Boado) und Leslie Kim (Kim Syster) bereits ein Team um sich versammelt. Zudem hätte er die Haischützerin Misty Calhoun (Danielle Savre) auch gerne in seinem Team. Als diese jedoch herausfindet, dass Monroe aggressive Bullenhaie als Testobjekte benutzt ist sie jedoch entsetzt und hat eine schlimme Vorahnung. Das Experiment etwickelt sich gefährlich - die Haie werden schlauer, schneller und viel, viel tödlicher...

Der Söldner Travis Conrad hat alles für seinen Arbeitgeber geopfert - erst seine Familie und schließlich sogar sein eigenes Leben. Denn als er noch einmal einen Auftrag seines alten Freundes Jim Morrow annimmt, obwohl er eigentlich schon im Ruhestand war, wird Travis während der Mission kurzerhand von der Interpol-Agentin Lin Bisset getötet. Doch plötzlich erwacht er und ist auf mysteriöse Weise wiederbelebt, denn an ihm wurde ein medizinisches Verfahren getestet, das ihn weitere 24 Stunden am Leben erhält. Denn Travis soll Jim schließlich noch den Aufenthaltsort der Zielperson seiner Mission nennen. Travis, der sich verraten und ausgenutzt fühlt, nimmt nun das Heft selbst in die Hand und zieht gegen seinen ehemaligen Arbeitgeber in den Krieg. Doch die Zeit ist gegen ihn, denn der Countdown, der auf seinem Unterarm eingraviert ist, läuft und läuft. Sobald dort die Null steht heißt es zum zweiten Mal: Ruhe in Frieden, Travis Conrad. Doch dazu will er es nicht kommen lassen...

In dieser Fortsetzung von "Alien Vs. Predator"? wird der Kampf der Ausserirdischen mitten in einer amerikanischen Kleinstadt ausgetragen. In den Hügeln von Colorado stürzt das Erkundungsschiff eines Predators ab, wobei Alien-Facehugger freigesetzt werden. Doch auch eine noch gefährlichere Kreatur tritt in Erscheinung: Ein Hybrid aus einem Alien und einem Predator. Selbst die herbeigerufene Nationalgarde sieht nur noch einen Ausweg: Die Auslöschung der Stadt mit einer nuklearen Bombe! Die unbedarften Bürger müssen sich gegen die übermächtigen Gegner verbünden, um wenigstens eine kleine Überlebenschance zu haben.

Eine Gruppe von Archäologen und Wissenschaftlern angeführt vom Millionär Charles Weyland begibt sich in die Antarktis. Sie vermuten im Eis ein antike Tempelanlage, die noch älter ist als die Pyramiden von Ägypten. In den Ruinen vorgedrungen, entdeckt das Team menschliche Skelette und versteinerte Überreste von Aliens. Es stellt sich schnell heraus, dass der Ort nicht nur als Brutstätte für Alien-Eier dient, sondern auch als Arena für junge Predators...

200 Jahre nach ihrem Tod wird Ellen Ripley von skrupellosen Militär-Wissenschaftlern an Bord des terranischen Raumkreuzers U.S.M. Auriga wieder zum Leben erweckt: In einer Testreihe werden die Gene ihrer Überreste so oft geklont, bis es gelingt, sie und die Alien-Königin in ihrem Körper lebensfähig zu halten. Wider Erwarten überlebt sie den Eingriff, bei dem die Königin operativ aus dem Körper entfernt wird. Die Wissenschaftler wollen die xenomorphen Aliens für den militärischen Einsatz weiterzüchten. Zu diesem Zweck benötigen sie Wirtskörper, die ihnen von Weltraumpiraten in Form von entführten Kolonisten geliefert werden. Bald schon schlüpfen die ersten Aliens, die in vermeintlich ausbruchsicheren Käfigen untergebracht werden.