Nach der ersten Begegnung Ripleys mit dem Alien sind 57 Jahre vergangen. Ziellos treibt sie sich immernoch im Kälteschlaf befindlich durchs All. Zufällig wird sie entdeckt und wieder zurück zur Erde gebracht. Ihren Berichten über die Ereignisse mit dem Alien wird zunächst wenig Glauben geschenkt, doch als der Kontakt zu dem mittlweile bevölkerten, aus dem ersten Teil bekannten Planeten abbricht, wird Ripley gebeten zusammen mit einem Trupp Space-Marines nach dem Rechten zu sehen. Sie kommen zu spät - die komplette Kolonie wurde von den Aliens überrannt und das Einsatzteam muss es mit der Übermacht aufnehmen...

Der aus Kentucky stammende Truman verdingt sich als Polizist in Chicago. Als sein Bruder Gerald von dem Gangster Joey Rosselini getötet wird, kommt ein weiterer Bruder Trumans, Briar in die Stadt, um den Mord zu vergelten. Truman kann ihn von illegalen Schritten abhalten. Doch als nach gemeinsamen Recherchen auch Briar von der Hand Joey Rosselinis, der zuvor den Sohn des Paten John Isabella umgebracht hat und den Verdacht auf Briar lenkte, stirbt, legt Truman die Dienstmarke ab. Unterstützt von seinem Familienclan aus den Bergen stellt er die Verbrecher auf einem Friedhof. Rosselini stirbt aber von der Hand des Paten, der den Tod seines Sohnes rächt.

Harry Tasker führt ein äußerst ungewöhnliches Doppelleben: Gegenüber seiner Familie und seinen Mitmenschen gibt er vor, ein langweiliger Vertreter einer Computerfirma zu sein. Doch das ist nicht sein wirklicher Beruf. In Wahrheit ist er ein Top-Agent des supergeheimen "Omega-Sector"?, eine amerikanische Organisation, die noch über dem CIA angesiedelt ist und als letzte Verteidigungslinie der Regierung fungiert. Zusammen mit seinem Partner Gib hat er den Auftrag, eine arabische Terrorgruppe aufzuspüren. Die haben nämlich vier russische Atomsprengköpfe in die Finger bekommen und wollen damit die Freilassung inhaftierter Mitstreiter erpressen, sonst lassen sie die Bomben in amerikanischen Großstädten hochgehen. Als Harrys Frau Helen ihr ödes Eheleben satt hat und zudem unter merkwürdigen Umständen in einen höchst brisanten Fall hineingezogen wird, ist Tasker gleich zweifach gefordert: im Kampf gegen die skrupellosen Atomterroristen und um seine Frau...

Nach Anbruch einer neuen Eiszeit haben sich die wenigen Überlebenden in kleine Kolonien unter der Erde zurückgezogen. Auch Kolonie 7, angeführt von Briggs kämpft gegen frostige Kälte, Hunger, Isolation und durch fehlendes Tageslicht hervorgerufene Krankheiten an. Als die Vorräte schwinden und der Kontakt zur einzig bekannten anderen Kolonie abbricht, entschließt Briggs sich zu einer gefährlichen Expedition um herauszufinden, was in dieser anderen Kolonie passiert ist. Sein alter Waffenkamerad Mason äußert jedoch Bedenken und will ihn davon abhalten, dass Leben der Gruppe aufs Spiel zu setzen. Wie sich herausstellt aus gutem Grund: ihr Ziel erreichend, entdecken sie eine weitaus unmenschlichere, grausamere Bedrohung als sie sich je hätten vorstellen können...

In naher Zukunft beginnt eine insektenartige Alienrasse - die sogenannten Mimics, mit einer Invasion der Erde. Mit ihrer überlegenen Technologie zerstören die Mimics unerbittlich Städte und ganze Länder, das menschliche Militär ist so gut wie machtlos. Doch noch ist nicht alle Hoffnung verloren, denn die militärischen Kräfte der ganzen Welt haben sich verbündet, um in einer letzten Offensive gegen das übermächtige Alienheer in die Schlacht zu ziehen. In diesem gigantischen Selbstmordkommando findet sich auch der degradierte Lt. Col. Bill Cage wieder. Er stirbt während der Schlacht, aber unglaublicherweise erwacht er daraufhin wieder am Morgen desselben Tages.