Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.

Brutal erschießt der korrupte Polizist Mike Brennan einen Drogendealer und inszeniert den Mord als Notwehr. Der junge Staatsanwalt D. A. Reilly soll den Fall untersuchen. Als wichtige Augenzeugen getötet werden und Beweismaterial verschwindet, ahnt er, dass Brennan hochrangige Drahtzieher im Hintergrund hat. Unerwartete Hilfe erhält er vom Drogendealer Bobby Texador, dem einzigen noch lebenden Augenzeugen. Durch ihn kommt Reilly einem unglaublichen Komplott auf die Spur, in das nicht nur Brennan verwickelt ist.

Am 16. September 2005 taucht eine außerirdische Sonde vor einem Frachter auf und sendet ein Hochfrequenzsignal aus. Ein Großteil der Besatzung stirbt dadurch. Die Überlebenden verändern sich und werden stärker und widerstandsfähiger. Sie sind von dem Impuls getrieben, weitere Menschen zu infizieren indem sie zunächst das Aliensignal verwenden, später auch mit Hilfe manipulierter Nahrungsmittel. Um diese Bedrohung zu stoppen, wird die Organisation Threshold unter der Leitung von Dr. Molly Anne Caffrey ins Leben gerufen. Mit Hilfe von verschiedenen Spezialisten versucht sie, die Invasion zu stoppen.

Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.

Los Angeles im Jahr 2045: Detective Hammond ist alles andere als begeistert, als sich sein neuer Partner als Android entpuppt. Dennoch raufen sich die beiden zusammen, um gemeinsam in die 'Zone' vorzudringen, ein abgesperrtes Gebiet der Stadt, in dem verarmte Menschen leben, die von einer unheilbaren und schweren Viruserkrankung befallen sind. Dort sollen sie Helen, die Tochter des Bürgermeisters Jacobs, retten. Während ihrer Mission finden die ungleichen Polizisten heraus, was die Bewohner der 'Zone' wirklich krank gemacht hat, woraufhin sie mit Hilfe der Technologie des Roboters den weiteren Krankheitsausbruch stoppen wollen. Dadurch geraten sie selbst ins Visier einer gefährlichen Regierungsverschwörung, in die auch der Bürgermeister verstrickt ist.