20 Jahre ist es mittlerweile her, seit General Johnny Rico der Mobilen Infanterie beigetreten ist und sich zunächst als gewöhnlicher Soldat seine Sporen verdiente. Nach heftigen Gefechten und Verwundungen stieg er unter der Führung von seinem ehemaligen Lehrer Rasczak auf und nahm bei seinem Tod dessen Position ein. Heute ist Rico ein erfahrender Veteran, der scheinbar alles erlebt hat auf dem Schlachtfeld - oder doch nicht? Vor den ekligen und todbringenden Bugs hat die Menschheit jedenfalls noch keine Ruhe gefunden und nun haben die überdimensionalen Krabbelviecher auch noch eine Satellitenstation auf dem Mars eingenommen. Rico und eine Gruppe junger Rekruten werden auf den roten Planeten geschickt, um ihn von dem Bug-Befall zu säubern. Und überraschenderweise trifft Rico bei seiner Mission auf eine alte Bekannte: Dizzy Flores

Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Als Jake Rodgers in einem Hotelzimmer erwacht, ist seine Erinnerung wie ausgeloschen. Der tote FBI-Agent in seinem Bett deutet jedoch darauf hin, dass er in großen Schwierigkeiten steckt. Zum Glück wartet seine "Frau" Diane schon in der Lobby auf ihn. Jake, der sich derweil für einen Geheimagenten hält, wird ins "gemeinsame Haus" gebracht und Diane versucht mit allen Mitteln, Jakes Erinnerungen zurückzuholen. Im trauten Heim angekommen, bekommt dieser jedoch ein paar Zweifel und als mittels Drogen nachgeholfen werden soll, flüchtet er kurzerhand. Schnell stellt sich heraus, dass Jake einen wichtigen Computerchip gestohlen hat und Diane zu der Firma gehört, die ihn wiederhaben will. Hilfe bekommt er nur von seiner Freundin Gina und nur langsam ergeben die Versatzstücke und Flashbacks einen Sinn und geben Jakes wahre Identität an...