Als der Kontakt zum Vizepräsidenten Bentley abreißt, schlagen die Sicherheitskräfte Alarm: Code Red! Bei seinem Besuch in Baton Rouge muss etwas Schlimmes vorgefallen sein. Auf dem sonst so friedlichen Boden der Hauptstadt von Louisiana tobt ein regelrechter Krieg, wie die Überwachungskameras offenbaren: Der zweitwichtigste Mann der USA ist gefangen im wachsenden Chaos rebellierender Horden. Dort muss er schnellstens und möglichst unversehrt herausgeholt werden. Nur die Besten werden mit dieser wichtigen Aufgabe betraut: Navy Seals. Doch mit dem, was sie in der Stadt im Süden vorfinden, haben die hervorragend ausgebildeten und knallharten Männer der Spezialeinheit nicht gerechnet. Ihre Gegner sind menschenfressende Zombies, die zu allem Überfluss auch noch Superkräfte besitzen zu scheinen...

Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.