Ruby Mountains, wenige Jahre nach dem amerikanischen Sezessionskrieg. Der einsame Trapper Gideon reitet durch die verschneite Berglandschaft Nevadas. Plötzlich wird er aus dem Hinterhalt beschossen. Morsman Carver - ehemals Colonel in der Armee der Konföderierten - hat drei Kopfgeldjäger angeheuert, um Gideon zur Strecke zu bringen. Mit knapper Not entkommt der Verwundete zunächst seinen Häschern. In der anschließenden gnadenlosen Hatz durch den Westen der USA gelingt es dem fintenreichen Gideon, seine Verfolger immer weiter zu dezimieren. Aber Carver wirkt wie besessen und gibt nicht auf, schließlich verbindet die beiden ein dunkles Geheimnis aus der Zeit des Bürgerkrieges...

Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...