Nach dem ditten Weltkrieg ist die Erdoberfläche verwüstet und die radioaktive Strahlung hat zu vielen Mutationen geführt, die auch Zombies hervorgebracht haben. Nur die Stärksten unter den Menschen haben überlebt. Sie formieren sich als Ninja-Clans, deren Zufluchtsort ein gigantischer Atomschutzbunker tief unter der Erde ist. Neben vieler anderer rivalisierender Ninja-Ordnen, hat auch der Clan von Großmeister Fumitaka hier sein Domizil. Alle Schüler werden in die untersten Räume des Bunkers geladen, um die aktuelle Lage zu besprechen, doch dann wird Fumitaka Opfer eines Attentats. Des Mordes beschuldigt wird der "Lost-Clan". Fortan müssen sich die jungen Kämpfer Cage und Surge zusammen mit ihren Freunden an die Oberfläche kämpfen. Ihnen in den Weg stellen sich Horden an Ninjas, Monstern und Zombies.

Los Angeles im Jahr 2045: Detective Hammond ist alles andere als begeistert, als sich sein neuer Partner als Android entpuppt. Dennoch raufen sich die beiden zusammen, um gemeinsam in die 'Zone' vorzudringen, ein abgesperrtes Gebiet der Stadt, in dem verarmte Menschen leben, die von einer unheilbaren und schweren Viruserkrankung befallen sind. Dort sollen sie Helen, die Tochter des Bürgermeisters Jacobs, retten. Während ihrer Mission finden die ungleichen Polizisten heraus, was die Bewohner der 'Zone' wirklich krank gemacht hat, woraufhin sie mit Hilfe der Technologie des Roboters den weiteren Krankheitsausbruch stoppen wollen. Dadurch geraten sie selbst ins Visier einer gefährlichen Regierungsverschwörung, in die auch der Bürgermeister verstrickt ist.