1942 ist Hitlers Drittes Reich auf dem Höhepunkt seiner Macht. Die "Endlösung"? der Judenfrage wurde eingeleitet, ins Leben gerufen vom SS- und Gestapo-Chef Reinhardt Heydrich (Jason Clarke). Der rücksichtslose Mann hat es mithilfe seiner aristokratischen Frau Lina (Rosamund Pike) bis ganz an die Spitze der nationalsozialistischen Führungsriege geschafft. Um ihn auszuschalten, plant der Widerstand der Tschechoslowakei eine ehrgeizige Operation: Zwei junge Rekruten, Joseph Gacik und Jan Kubis (Jack O'Connell und Jack Reynor), werden von Winston Churchill und dem tschechoslowakischen Oberhaupt Edvard Bene? nach Prag geschickt, um Reinhardt Heydrich mit einem Anschlag zu töten. Bei der Planung unterstützt werden sie dabei von einer jungen Widerstandskämpferin (Mia Wasikowska). Die Operation erhält den Namen Anthropoid.

Mason Skiles lebt 1972 als Diplomat in der libanesischen Hauptstadt Beirut. Beklagen kann er sich nicht: Mittlerweile ist er sesshaft geworden und hat die schöne Nadia geheiratet und den 13-jährigen Karim unter seiner Obhut. Doch als die CIA eines Tages auftaucht, ändert sich mit einem Mal alles, denn bei Karim soll eine Verbindung zum Attentat bei den Olympischen Spielen in München bestehen... Zehn Jahre später hat Mason dem im Bürgerkrieg versunkenen Beirut längst den Rücken gekehrt und führt ein gewöhnliches Leben als Broker in den USA. Mit seiner Vergangenheit will der mittlerweile Alkoholabhängige nichts mehr am Hut haben, doch diese holt Mason eines Tages wieder ein: Die Regierung beauftragt nämlich Mason, wieder in den Dienst zu gehen und nach Beirut zu reisen. Dort soll er einen riskanten Gefangenenaustausch vollziehen, da ein amerikanischer Spion entführt wurde.