In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Der todbringende Hai-Sturm tobt ein fünftes Mal: Nachdem von Nordamerika nur noch Ruinen übrig sind, ziehen die gefräßigen Kreaturen weiter. Die Welt versucht sich fieberhaft auf das Unausweichliche vorzubereiten: einen globalen Sharknado. Dabei tobt der Sturm in europäischen Städten wie London oder in Italien, aber auch auf asiatischem Gebiet. Das Wetterphänomen wütet sogar über Australien. Die erfahrenen Überlebenskämpfer Fin (Ian Ziering) und April (Tara Reid) müssen sich beeilen, um die drohende Katastrophe aufzuhalten und die Welt vor der Auslöschung zu bewahren. Und sie müssen ihren Sohn Matt (Cody Linley) retten, der mitten in einem "traveling "?nado" über den Planeten gewirbelt wird...

Eigentlich soll April Wexler und Fin Sheperd ein angenehmer Urlaub bevorstehen, doch starker Wind und jede Menge Regen macht ihnen einen Strich durch die Rechnung. Was nun folgt, ist den beiden nur zu gut bekannt: Ein Tornado, in dem unzählig viele hungrige Haie lauern, zieht über das Land und schließt sich mit weiteren Wirbelstürmen dieser Art zusammen. Die ganze Ostküste der USA wird bedroht - von Washington bis Orlando. Der Hai-Sturm nähert sich dem Spring Break, wo sich Fins Kinder zu bebenden Beats mit zahlreichen anderen Feierwütigen amüsieren wollen. Für die bissigen Bestien gleicht das Party-Gelage einem Festschmaus und der Sturm nimmt Kurs auf Florida. Auch bei seinem dritten Aufeinandertreffen mit den vom Himmel fallenden Haien schwingt Fin wieder eine Kettensäge und bekommt diesmal unter anderem von seinem Vater Gilbert tatkräftige Unterstützung, denn dieser ist gar nicht gut auf die Biester zu sprechen, haben sie doch seinen Lebensgefährten auf dem Gewissen.

Abby Yates hat schon immer an Gespenster geglaubt, obwohl sie dafür belächelt wird. In einem Labor erforscht sie das Paranormale, unterstützt von der schrägen, aber genialen Ingenieurin Jillian Holtzmann, die abgefahrene Anti-Geister-Waffen bastelt. Abbys alte Freundin Erin Gilbert hat das umstrittene Forschungsgebiet hingegen für eine Karriere als seriöse Physikerin aufgegeben, was einst zum Bruch zwischen den beiden Partnerinnen führte. Doch als Erin kurz vor einer Festanstellung an der renommierten Columbia-Universität steht, wird sie von der gemeinsamen Geisterforschervergangenheit eingeholt. Sie bittet Abby um Hilfe, aber die wittert schnell eine ganz andere Gelegenheit und schleppt Erin mit zu einem Herrenhaus aus dem 19. Jahrhundert, in dem es zu einer Geistererscheinung gekommen sein soll. Nach diesem Termin ist nichts mehr so wie vorher: Die Frauen mischen als Ghostbusters New York auf und erhalten durch die resolute U-Bahn-Angestellte Patty Tolan weitere Verstärkung.

Nachdem sein leiblicher Vater Li auf der Bildfläche erscheint, nimmt er Po mit in sein ebenso entlegenes wie paradiesisches Dorf voller tollpatschiger Pandas. Doch die Idylle wird durch den mit übernatürlichen Kräften ausgestatteten Schurken Kai bedroht, der sich ein fürchterliches Ziel gesetzt hat: Er will jeden einzelnen Kung-Fu-Meister in China vernichten. Also ist es an Po, aus seinen gemütlichen Verwandten mutige, selbstsichere Kämpfer zu machen. Doch bislang haben die vergnügten Pandas keinerlei Kampferfahrungen, was die Angelegenheit nicht einfacher macht. Hilfe bekommt Po von seinen treuen Freunden Tigress, Crane, Monkey ,Mantis und Viper sowie seinem Ausbilder Meister Shifu