In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?

Ex-CIA-Agent und Familienvater Bryan Mills rettete seine Tochter Kim und deren Mutter Lenore bereits zwei Mal aus den bedrohlichsten Situationen. Diesmal muss er sich primär um die eigene Haut kümmern - Mills wird zum Hauptverdächtigen in einem Mordfall, dessen Opfer ihm sehr nahe stand. Der Einzelkämpfer sieht nur eine Möglichkeit, seine Unschuld zu beweisen: Er muss den Killer selbst ausfindig machen und zur Rechenschaft ziehen. Seine in vielen gefährlichen Missionen geschulten, ebenso besonderen wie tödlichen Fähigkeit setzt Mills aber nicht nur für die Jagt ein, sondern auch, um sich die Polizei vom Hals zu halten. Diese fahndet mit allen Mitteln nach dem früheren Spion, angeführt von dem hartnäckigen Polizeiinspektor Franck Dotzler ...