1957 in der Wüste Nevadas, der Kalte Krieg ist in vollem Gange und Indiana Jones den Russen in die Hände gefallen. Indy gelingt die Flucht, doch die Russen - unter der Führung von Irina Spalko, Stalins Lieblingsagentin und ihres Zeichens Parapsychologin, - entwenden ein mysteriöses Skelett, das offenbar in Verbindung mit dem Verschwinden von Indys altem Freund und Kollegen Harold Oxleys steht, der in Peru verschollen ist. Gemeinsam mit Oxleys Ziehsohn Mutt macht sich Indy im Dschungel des Amazonas auf die Suche nach dem legendären Kristallschädel, dem magische Kräfte nachgesagt werden und der Oxley offenbar in den Wahnsinn getrieben hat. Eine Schatzsuche auf Leben und Tod beginnt.

Captain Jean-Luc Picard bekommt den diplomatischen Auftrag, mit den Romulanern Frieden zu schließen. Doch auf dem fremden Planeten angekommen sieht er sich mit seinem bösen, um 30 Jahre jüngeren Klon Shinzon konfrontiert, der sich vom Arbeitssklaven zum Anführer des Kriegervolks emporgeschwungen hat. Shinzon benötigt zum Überleben eine Gen-Transplantation von Picard, ehe er mit einer Waffe von gigantischer Zerstörungskraft daran gehen kann, alles Leben auf der Erde zu vernichten und die Föderation zu zerstören.