Auf der Jagd nach einer Liste von Undercoveragenten, die mit diesem Dokument enttarnt und in den sicheren Tod geschickt werden könnten, stürzt James Bond, von einer Kugel getroffen, in eine tiefe Schlucht. Von Freund und Feind für tot gehalten, hält sich 007 versteckt, bis ihn ein Bombenanschlag auf seinen Geheimdienst zum Handeln zwingt. So kehrt Bond zum MI6 zurück, kämpft gegen einen unbekannten Gegner, der nur ein Ziel kennt: Dem britischen Geheimdienst empfindlich zu schaden und dessen Chefin M zu töten.

Jason Bourne war nicht alleine: Tatsächlich war er nur einer von vielen Agenten, die beim Treadstone-Programm zu einer willenlosen Tötungsmaschine umprogrammiert wurden. Zu ihnen gehörte auch Aaron Cross, ein Agent, der als verschwunden galt - bis er, wie Bourne, unvermittelt mit gelöschtem Gedächtnis wieder auftaucht und beginnt, Fragen zu stellen. Das sorgt für Panik bei den Verantwortlichen innerhalb des CIA, denn Aaron Cross ist bekannt dafür, noch viel gefährlicher zu sein als Jason Bourne.

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.