Eine neue berufliche Herausforderung in Hongkong wird zum Albtraum für den Kriegsveteranen und ehemaligen FBI-Einsatzchef Will Sawyer, der im The Pearl, dem mit 240 Stockwerken höchsten Wolkenkratzer der Welt, für Sicherheit sorgen soll. Kaum hat Will sein Amt angetreten, kommt es zur Katastrophe: Die 96. Etage steht plötzlich in Flammen. In den Stockwerken darüber ist seine Familie eingeschlossen, ohne eine realistische Chance auf Rettung. Zu seinem Entsetzen wird er auch noch beschuldigt, die Feuersbrunst selbst entfacht zu haben! Verzweifelt versucht Sawyer, die Brandstifter zu finden, seine Familie aus dem flammenden Inferno zu retten und seine Unschuld zu beweisen.

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.