John Sands arbeitet als Spezialagent für eine Untergrundabteilung der U.S.-Air Force. Als sich die Abteilung durch Informationen, die Sands während früherer Einsätze erhalten hat, bedroht fühlt, beschließen seine Vorgesetzten, ihn einzusperren und sein Gedächtnis auszulöschen. John gelingt zwar die Flucht aus dem High-Tech-Gefängnis, doch er wird schnell wieder gefasst und erhält ein Angebot, das er nicht ablehnen kann: Wenn Sands einen streng geheimen Stealth-Bomber in den amerikanischen Luftraum zurückbringt, wird er freigelassen. Wenn er versagt, fällt der Bomber in die Hände eiskalter Terroristen, die die Maschine mit biologischen Kampfstoffen beladen wollen. Ein gnadenloser Wettlauf gegen die Zeit beginnt, als Sands sich in die Reihen seiner Widersacher einschleust und sich auf eine Luftschlacht um sein Leben und die Rettung tausender von Menschenleben einlässt!

Im zweiten Weltkrieg versuchen Nazi-Wissenschaftler auf dem Gebiet des Okkulten mit Hilfe des bösen Rasputin ein Tor zur Hölle zu öffnen und sieben Götter des Chaos zu ihren Gunsten auf die Erde loszulassen. Eine amerikanische Geheimorganisation unter der Leitung von Professor "Broom" Bruttenholm kann dies verhindern, doch durch das unfertige Tor fällt ihnen ein noch junger Dämon, genannt "Hellboy" in die Hände. Broom erzieht ihn zum Kampf gegen das Böse und in unserer Zeit hat er es sich auf der guten Seite recht gemütlich gemacht, ist sogar heimlich verliebt in die pyrokinetische Liz. Als Rasputin jedoch sich anschickt, seinen Plan zu vollenden, mobilisiert die Organisation alle Kräfte und Hellboy ist mittendrin.