Eine neue berufliche Herausforderung in Hongkong wird zum Albtraum für den Kriegsveteranen und ehemaligen FBI-Einsatzchef Will Sawyer, der im The Pearl, dem mit 240 Stockwerken höchsten Wolkenkratzer der Welt, für Sicherheit sorgen soll. Kaum hat Will sein Amt angetreten, kommt es zur Katastrophe: Die 96. Etage steht plötzlich in Flammen. In den Stockwerken darüber ist seine Familie eingeschlossen, ohne eine realistische Chance auf Rettung. Zu seinem Entsetzen wird er auch noch beschuldigt, die Feuersbrunst selbst entfacht zu haben! Verzweifelt versucht Sawyer, die Brandstifter zu finden, seine Familie aus dem flammenden Inferno zu retten und seine Unschuld zu beweisen.

Den beiden Gegenspielern Megamind und Megaman wurde der Kampfgeist schon in die Wiege gelegt. Von unterschiedlichen Planeten stammend, wurden beide von ihren Eltern ins All gefeuert, als es dort für die Kleinen zu gefährlich wurde.Viele Jahre später treibt Megamind als legendärer Superbösewicht auf der Erde sein Unwesen und der einzige Grund, weshalb sein Plan, die Stadt Metro City zu erobern, bislang noch nicht aufgegangen ist, ist eben sein Erzrivale Megaman, denn der maskierte Superheld konnte Megaminds Vorhaben stets vereiteln. Doch eines Tages tappt Metroman doch in eine heimtückische Falle von Megamind und kommt dabei ums Leben.