In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

James Clayton, Spitzenabsolvent einer Elite-Uni und Entwickler einer wegweisenden Computersoftware, wird von CIA-Scout Walter Burke für die "Agency"? angeworben. Im Ausbildungslager trifft James auf die geheimnisvolle und attraktive Layla. Völlig unerwartet wird er am Ende der harten Ausbildung wegen Nichteignung entlassen. Kurz danach taucht Burke mit einem undurchsichtigen Auftrag auf: James soll für die CIA einen "Maulwurf"? in den eigenen Reihen ausfindig machen. Es beginnt ein gefährliches, atemloses Vexierspiel um Loyalität, Verrat, Gier und Liebe, in dessen Verlauf es nur eine Gewissheit gibt: "Nichts ist, wie es scheint"?.

Nachdem er bei einem biochemischen Experiment so stark verstrahlt wurde, dass er sich, wann immer er gereizt oder wütend wird, in das grüne Monstrum Hulk verwandelt, lebt der Wissenschaftler Bruce Banner ein zurückgezogenes Leben im brasilianischen Exil. Dorthin hat es ihn auf der Flucht vor dem Militärgeneral Ross verschlagen, der alles unternimmt, um den ehemaligen Freund seiner Tochter Betty für seine Zwecke zu missbrauchen. Während sich für Banner die Uhr rückwärts dreht, er nach einem Gegenmittel für die Mutation forscht und seine Wut unter Kontrolle zu bringen versucht, unterläuft ihm ein Missgeschick: General Ross gelingt es, Banner ausfindig zu machen. Auf der Flucht vor dem Militär und dem ehrgeizigen Soldaten Blonsky sucht er Zuflucht bei Betty, die ihm dabei hilft, die unfreiwilligen Superkräfte zu kontrollieren. Blonsky hat sich Banners einstige Formel zueigen gemacht und ist zur Kampfbestie Abomination mutiert.