Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...

Der US-Virologe und Militärarzt Sam Daniels untersucht in Afrika einen neuartigen Virus, der innerhalb weniger Tage zum Tod führt. Es handelt sich um eine aggressive, sich schnell verbreitende Ebola-Variante. Daniels kann nur ahnen, welche Gefahr von der Seuche ausgeht und rechnet mit dem Schlimmsten. Zurück in Amerika bittet er seinen Freund und Vorgesetzten Brig. Gen. Billy Ford vorsorglich Katastrophenalarm auszulösen, doch der will davon nichts wissen. Erst als erste Symptome der todbringenden Infektion in der amerikanischen Kleinstadt Cedar Creek auftreten, folgt das böse Erwachen. Daniels ist sich sicher, dass es sich um den afrikanischen Killervirus handelt und begibt sich mit seinem Team sofort in die kalifornische Ortschaft. Während sich die Epidemie im ganzen Land auszubreiten droht, machen sich Daniels und seine Leute auf die Suche nach dem ursprünglichen Überträger des Virus, um einen Impfstoff herzustellen und der Seuche Einhalt zu gebieten...