Dr. Elizabeth Weir und ihr Team gehen auf eine gefährliche Mission mit ungewissem Ausgang, um die sagenumwobene Stadt Atlantis zu finden. Doch das Ziel befindet sich so weit weg, dass die Energie nicht für eine Rückkehr reicht. In einer von der Erde unermesslich weit entfernten Galaxis stoßen sie auf technische Wunderwerke, neue Verbündete - aber auch auf einen neuen, schrecklichen Feind...

Weil sein einst brillanter Vater Charles an Demenz leidet, beginnt der Wissenschaftler Will Rodman an Schimpansen zu experimentieren, um ein geeignetes Heilmittel gegen die Alzheimer-Krankheit zu finden. Eines der Tiere, das den Namen Caesar trägt, entwickelt sich durch die Einnahme der Medikamente sehr rapide. Um den hyperintelligenten Affen vor seinen zunehmend aggressiv werdenden Kollegen zu schützen, nimmt der Wissenschaftler seinen besonderen Probanden mit zu sich nach Hause und zieht ihn wie ein Familienmitglied groß. Als Charles einige Zeit später seiner Krankheit zum Opfer fällt, wird Caesar ebenfalls immer aggressiver. Aufgrund seines gewalttätigen Verhaltens wird der Primat in ein riesiges Käfigsystem mit anderen Schimpansen gesperrt. Dort zettelt Caesar einen Aufstand an - die Revolution der Affen.