1348 ist England im Griff des Schwarzen Todes, doch ein abgelegenes Dorf scheint sich der Pest widersetzen zu können. Im Auftrag der Kirche, die einen Verlust ihres Einflusses durch zunehmenden Aberglauben fürchtet, sollen Ritter Ulric und seine kleine Gruppe von Kämpfern und Folterknechten in Erfahrung bringen, ob die Dorfbewohner wirklich verbotene und gar übernatürliche heidnische Rituale durchführen. Der junge Novize Osmund führt die Gruppe zum Dorf, wo die Männer ein trügerisches Idyll und ein Härtetest für ihren eigenen Glauben erwarten.

Als der hochdekorierte Polizist Malcolm Toohey (Joel Edgerton) nach einem Unfall mit einem Radfahrer Fahrerflucht begeht und vorgibt, nur als Ersthelfer am Unfallort eingetroffen zu sein, ändert sich sein Leben dramatisch. Das Opfer ist noch ein Kind und es liegt nach dem Unfall im Koma. Carl Summer (Tom Wilkinson) und Jim Melic (Jai Courtney) nehmen die Ermittlungen auf. Malcolm plagen Schuldgefühle, doch die Wahrheit darf nicht ans Licht kommen, denn das würde seine Karriere zerstören. Während Summer versucht, die Fakten zu vertuschen, will Jim den wahren Täter finden.

Nachdem die Explosion eines klingonischen Mondes das Imperium in die Knie zwingt, liegt das fremdartige Konzept eines Friedens mit der Föderation in greifbarer Nähe. Ironischerweise soll gerade Admiral James T. Kirk als Botschafter den Frieden aushandeln. Alle Hoffnungen werden jedoch zunichte gemacht, als die Crew der U.S.S. Enterprise beschuldigt wird, einen klingonischen Diplomaten ermordet zu haben. Stattdessen stehen beide Seiten vor einem alles vernichtenden Krieg...

Captain Kirk, Spock und "Pille" McCoy machen gemütlich Urlaub auf der guten alten Erde; währenddessen geht auf der funkelnagelneuen Enterprise alles drunter und drüber, weil längst noch nicht alles funktioniert wie es soll. Mitten in dieses Chaos platzt ein verrückter Vulkanier namens Sybok, der die Enterprise entführt, um ins Zentrum des Universums vorzudringen. Sein Ziel heißt Shkari, der Planet der hinter den Grenzen liegt, die noch kein Sterblicher überschritten hat. Der fanatische Sybok glaubt fest daran, dass er auf Shakari dem Schöpfer allen Lebens gegenübertreten wird - Sybok sucht Gott. Für Kirk und Co. bedeutet dies der Anfang der erstaunlichsten Reise, die die Enterprise und ihre Besatzung jemals unternommen haben...