Auf ihrer Forschungsmission gerät die Enterprise in einen gnadenlosen Hinterhalt. Unter Dauerbeschuss kann die Crew um Captain Kirk nur in letzter Sekunde auf fremdem Terrain notlanden. Doch statt in Sicherheit befindet sie sich plötzlich zwischen den Fronten eines scheinbar ausweglosen Konflikts. Getrennt voneinander und ohne Kontakt zur Außenwelt ziehen Kirk und sein Team in den Kampf gegen einen mysteriösen und übermächtigen Feind.

Der Motor für das Fortbestehen einer Art ist die Mutation, die unter bestimmten sich ändernden Umweltbedingungen sich von größtem Vorteil erweist. Noch sah sich immer der Mensch, der Homo sapiens, als die Krone der Schöpfung. Doch nun - mit dem Auftritt der Mutanten - sehen sich die Menschen in ihrer Alleinstellung bedroht vom Homo sapiens superior. Und tatsächlich sollen sie von ihrem Thron gestürzt werden. Denn keiner Vertritt mehr die Maxime des Survival of the Fittest als Apocalypse, der erste der Mutanten. Doch Apocalypse ist wenig zimperlich im Kampf ums Überleben, auch Mutanten, die Schwäche zeigen, müssen ausgetilgt und vernichtet werden. Und so müssen die Menschen und die Mutanten um Professor Xavier und Magneto Seite an Seite stehen, um gegen Apocalypse und seinen Selektionsdruck eine Chance zu haben.