1000 Jahre sind vergangen, seitdem Naturkatastrophen die Menschen gezwungen haben, die Erde zu verlassen und den Planeten Nova Prime zu besiedeln. Nach einem ausgedehnten Kampfeinsatz kehrt General Cypher zurück nach Hause, um sich endlich um seinen 13-jährigen Sohn Kitai kümmern zu können. Ein Asteroidensturm beschädigt ihr Raumschiff, sie müssen auf der Erde notlanden. Um den sterbenden Vater zu retten, muss sich Kitai in die fremde Wildnis wagen und Hilfe organisieren.

Im 21. Jahrhundert gibt es nur noch einen sicheren Platz auf der Erde, da der Rest der Welt verseucht wurde: die Insel. Auch Lincoln Six-Echo wünscht sich nichts mehr als dort hinzukommen und den Rest seines Lebens glücklich zu verbringen. Doch stattdessen lebt er ein tristes Leben in einer kontrollierten Einrichtung, in der alle Bewohner diesen Wunsch hegen. Aber mit der Zeit schwindet die Hoffnung auf Besserung. Als Lincoln dann auch noch herausfindet, dass er und seine Mitbewohner Menschenklone sind, die den richtigen Menschen Ersatzkörperteile liefern sollen, hält ihn nichts mehr dort und er startet zusammen mit der hübschen Jordan Two-Delta einen Fluchtversuch. Beide kennen nur noch eins: Rache - Rache an den Menschen, die ihnen das alles angetan haben.