Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

Die letzte Schlacht gegen die Maschinen kämpfen Neo, der Auserwählte, Rebellionsführer Morpheus und ihre Verbündeten - ein Krieg, der in den Ruinen der realen Welt geführt wird, der das Schicksal der Menschheit besiegelt und dessen Sieg in den Händen von Neo liegt, der seinerseits eine Reihe von Überraschungen zu erwarten hat.

Will Gerards geordnetes Leben als Highschool-Lehrer nimmt ein plötzliches Ende, als seine Frau Laura Opfer eines brutalen Überfalls wird. Vom Täter fehlt jede Spur. Im Krankenhaus trifft Will auf einen unbekannten, der sich selbst Simon nennt. Von Verzweiflung und Rachedurst getrieben lässt sich Will auf ein unmoralisches Angebot ein: Der zwielichtige Simon ist Mitglied einer Untergrundorganisation, die sich auf Selbstjustiz spezialisiert hat. Er verspricht Will Gerechtigkeit, indem er Lauras Angreifer findet und tötet. Doch alles im Leben hat seinen Preis. Die Gegenleistung, die Simon einfordert, bringt nicht nur Laura, sondern auch Will selbst in Lebensgefahr.