In einem japanischen Atomkraftwerk, in dem der amerikanische Ingenieur Joe Brody und seine Frau Sandra beschäftigt sind, kommt es zu einer Katastrophe. Noch Jahre später versucht Joe, der als einer der wenigen überlebt hat, die wahren Ursachen des Unglücks aufzuklären. Und seine Intuition gibt ihm Recht. Zusammen mit seinem Sohn Ford und dem Wissenschaftler Ichiro Serizawa findet er heraus, dass ein riesiges Monster für die Katastrophe von damals verantwortlich war. Und jetzt schlägt es wieder zu! Das Militär ist machtlos. Kann der sagenumwobene Godzilla helfen?

Seit Jahren werden überall auf der Welt immer wieder UFO-Sichtungen gemeldet - in Buenos Aires, Seoul, Frankreich, Deutschland, China. Aber 2011 wird aus diesen Beobachtungen eine furchteinflößende Gefahr: Die Erde wird auf einmal von unbekannten Streitmächten angegriffen. Während die Menschen weltweit machtlos mit ansehen müssen, wie ihre Städte dieser Invasion zum Opfer fallen, wird Los Angeles der letzte Zufluchtsort der Menschheit in einem Krieg, den keiner sich vorzustellen wagte. Ein Marine-Unteroffizier und seine Truppe haben den Auftrag, eine letzte Verteidigungslinie zu errichten und sich dem Kampf gegen den übermächtigen Feind zu stellen. Ein Feind, wie er ihnen noch nie zuvor begegnet ist ...

James Howlett verfügt über die seltene Gabe, sich in Wolverine verwandeln zu können. Er ist nicht der einzige, in dem übermenschliche Kräfte stecken. Auch Victor Creed alias Sabretooth hat sie. Beide verbindet eine enge Beziehung, bis Wolverines Freundin durch Victor umkommt. Fortan ist er auf Rache aus und tritt dem Weapon X-Programm bei, um eine lebende Waffe zu werden. Dort lernt er weitere Mutanten kennen.