In naher Zukunft schützt ein abgekämpfter Logan einen gebrochenen Professor X in einem Versteck nahe der mexikanischen Grenze. Doch Logans Versuche, sich vor der Welt und seinem Vermächtnis zu verstecken, misslingen, als ein junger Mutant, von dunklen Kräften verfolgt, bei ihnen Zuflucht sucht.

Wir schreiben das 23. Jahrhundert. Der junge James Tiberius Kirk ist ein Draufgänger, der keiner Kneipenschlägerei aus den Weg geht und bevorzugt mit dem Kopf durch die Wand marschiert. Der Heißsporn bewirbt sich auf Rat eines alten Freundes seines verstorbenen Vaters bei der Sternenflotten-Akademie der Föderation und findet in dem kauzigen Arzt Dr. Leonard "Pille" McCoy sogar gleich einen neuen Kumpel. Ansonsten macht sich der Frauenheld auf der Akademie eher Feinde. So wie den Halb-Vulkanier Spock, dem auffällt, dass Tiberius bei einer Prüfung gemogelt hat. Die beiden entwickeln sich zu erbitterten Rivalen, müssen ihre Feindseligkeiten jedoch aufgeben, als die U.S.S. Enterprise vom Stapel läuft und Captain Pike bei einer Mission von dem romulanischen Outlaw Nero gefangen genommen wird, der nur von einem Gedanken beseelt ist: Rache!