Ein junger Mann wird halb tot, mit 2 Kugeln im Rücken und totaler Amnesie von Fischern aus dem Mittelmeer gezogen. Die Suche nach seinem Ich und seiner Vergangenheit führt ihn nach Zürich, wo er in einem Schließfach Hinweise auf seine Identität findet. Er ist Jason Bourne und auf der Flucht vor seinem ehemaligen Arbeitgeber, der CIA. Schon haben sich Agenten an seine Versen geheftet um ihn aus dem Weg zu räumen, doch mit Hilfe der Touristin Marie gelingt ihm fürs erste die Flucht...

Nachdem seine letzte Mission fürchterlich in die Hose gegangen ist, bekommt der erfahrene CIA-Agent Emerson Kent die Chance, das angerichtete Schlamassel wiedergutzumachen. Sein Auftrag: Er soll Katherine beschützen, die in der streng geheimen "Numbers Station", einer bunkerähnlichen und weitabgelegenen CIA-Anlage, für das Entschlüsseln von Nachrichten zuständig ist. Schließlich stößt sie im Zuge ihrer Arbeit auf einen Code, der für die CIA offenbar von immenser Bedeutung ist. Alsbald werden Katherine und Emerson von einer Gruppe schwer bewaffneter Angreifer belagert - die beiden finden sich plötzlich in einem Kampf auf Leben und Tod gegen einen unbekannten Feind wieder, bei dem es längst nicht nur um ihr eigenes Schicksal geht...