Terrorbekämpfung in den Zeiten nach dem 11. September: Die amerikanische Studentin Linda (Maggie Gyllenhaal) wird in China wegen Terrorverdacht vom Geheimdienst festgenommen. In New York gerät derweil der Araber Sharif (Bruno Lastra) ins Visier des FBI und eine Agentin (Glenn Close) unterzieht ihn einem Verhör. Beide Beschuldigten werden hart angegangen, obwohl keine Beweise gegen sie vorliegen.

Der EX-C.I.A. Agent Tom Bishop wird in einem chinesischen Gefängnis gefangen genommen. Er soll innerhalb von 24 Stunden exekutiert werden. Nun soll sein früherer Ausbilder und Geheimdienst Agent Nathan Muir einem Untersuchungsteam der C.I.A. mehr Informationen über Bishop preisgeben, um ihnen einen Eindruck zu verschaffen, wen sich die Chinesen da geschnappt haben. Schon nach kurzer Zeit wird die Lage immer komplizierter und verzwickter, denn nicht alle haben das gleiche Ziel. In Episoden erinnert sich Muir, wie er Bishop kennengelernt und ausgebildet hat ...

Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.