Eine neue berufliche Herausforderung in Hongkong wird zum Albtraum für den Kriegsveteranen und ehemaligen FBI-Einsatzchef Will Sawyer, der im The Pearl, dem mit 240 Stockwerken höchsten Wolkenkratzer der Welt, für Sicherheit sorgen soll. Kaum hat Will sein Amt angetreten, kommt es zur Katastrophe: Die 96. Etage steht plötzlich in Flammen. In den Stockwerken darüber ist seine Familie eingeschlossen, ohne eine realistische Chance auf Rettung. Zu seinem Entsetzen wird er auch noch beschuldigt, die Feuersbrunst selbst entfacht zu haben! Verzweifelt versucht Sawyer, die Brandstifter zu finden, seine Familie aus dem flammenden Inferno zu retten und seine Unschuld zu beweisen.

Nachdem durch die randalierenden und genetisch veränderten Affen und den ausgebrochenen Virus die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen einige wenige Überlebende ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Mittlerweile hat er selbst eine Frau und ein Baby. Seinen Artgenossen hat er mittlerweile beigebracht, sich mithilfe einer Zeichenspracheuntereinander zu verständigen. Alles deutet darauf hin, dass der Waffenstillstand zwischen Affen und den überlebenden Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald schon wird sich entscheiden, welche der beiden Spezies die Erde in Zukunft dominieren wird.