John Sands arbeitet als Spezialagent für eine Untergrundabteilung der U.S.-Air Force. Als sich die Abteilung durch Informationen, die Sands während früherer Einsätze erhalten hat, bedroht fühlt, beschließen seine Vorgesetzten, ihn einzusperren und sein Gedächtnis auszulöschen. John gelingt zwar die Flucht aus dem High-Tech-Gefängnis, doch er wird schnell wieder gefasst und erhält ein Angebot, das er nicht ablehnen kann: Wenn Sands einen streng geheimen Stealth-Bomber in den amerikanischen Luftraum zurückbringt, wird er freigelassen. Wenn er versagt, fällt der Bomber in die Hände eiskalter Terroristen, die die Maschine mit biologischen Kampfstoffen beladen wollen. Ein gnadenloser Wettlauf gegen die Zeit beginnt, als Sands sich in die Reihen seiner Widersacher einschleust und sich auf eine Luftschlacht um sein Leben und die Rettung tausender von Menschenleben einlässt!

Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.