Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

Zwischen Mülltonnen entdeckt der desillusionierte Arbeiter John einen Karton mit Sonnenbrillen, durch die er Werbetafeln als manipulative Propaganda zum hemmungslosen Konsum und einige Mitbürger als skelettähnliche Aliens erkennen kann. Gemeinsam mit einer Gruppe Widerständler, die ebenfalls hinter diese außerirdische Invasion gekommen sind, nimmt John den bewaffneten Kampf auf und wird daraufhin als Terrorist gesucht. Nach wilden Verfolgungsjagden und heftigen Feuergefechten gelingt es ihm, in die Kommandozentrale der Außerirdischen einzudringen und die Maschine zu zerstören, die ihnen ihr menschliches Aussehen verleiht.