Nachdem der Nuklearwissenschaftler Joe Brody und sein beim US-Militär stationierter Sohn Ford herausfanden, dass der skrupellose Ichiro Serizawa nach einer Beinahe-Reaktorkatastrophe im japanischen Janjira an einer riesigen, urzeitlichen Kreatur herumexperimentiert, konnte gegen das "Muto" getaufte Wesen nur einer etwas ausrichten: Godzilla. Jetzt müssen die Krypto-Zoologen von Monarch allerdings einen Weg finden, gleich mit einer Reihe von Urzeit-Monstern fertig zu werden. Eine entscheidende Rolle dabei spielt die Paleo-Biologin Emma Russell (Vera Farmiga), die einen Weg gefunden hat, via Sonar mit den gigantischen Wesen zu kommunizieren. Neben Godzilla, mit dem vor allem Russells Ex-Ehemann Mark (Kyle Chandler) eine Rechnung offen hat, sind es vor allem dessen Feinde Mothra, Rodan sowie der dreiköpfige King Ghidorah, die den Lebensraum der Menschen für immer zerstören könnten ...

Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Jeder von ihnen kam mit einer einzigartigen genetischen Mutation auf die Welt, jeder mit einer anderen außergewöhnlichen Fähigkeit, die sich erstmals in der Jugend zeigt.In einer zunehmend von Vorurteilen und Hass beherrschten Welt interessieren sie jedoch nur als wissenschaftliche Kuriositäten ... als Launen der Natur ... als Ausgestoßene, gefürchtet und verachtet, weil Andersartigkeit nicht akzeptiert wird.Trotz der weit verbreiteten Ignoranz der Gesellschaft schaffen es die X-Men, und mit ihnen weltweit Tausende anderer Mutanten zu überleben. Unter den Fittichen des mächtigsten Telepathen der Welt, Professor Charles Xavier, lernen diese "begabten" Studenten, ihre Kräfte zu kontrollieren und sie zum Vorteil der Menschheit einzusetzen. Sie kämpfen für den Schutz einer Welt, die sie fürchtet.