Vor der Zentrale des FBI detoniert eine Bombe. Aufgrund der explosiven Lage in vielen Ländern geht man von einem terroristischen Anschlag aus. Die Nerven liegen blank. Doch das ist erst der Anfang. Der bereits gefasste Täter hat noch mehr Sprengsätze in der Stadt unter seiner Kontrolle. Sofort wird FBI- Agent Lucas Nolan mit dem Fall beauftragt. Zusammen mit seiner Kollegin Becky muss Lucas nun herausbekommen, wo die Bomben zu finden sind, bevor die nächsten Anschläge weitere unschuldige Leben kosten werden.

Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...