Fast 99 Prozent der Erdbevölkerung sind mittlerweile durch das todbringende T-Virus der "Umbrella Corporation" infiziert. Bis an die Zähne bewaffnet, treten Carlos, L.J., Claire, K-Mart und Nurse Betty die Flucht aus den zerstörten Städten an, in der Hoffnung noch weitere nicht infizierte Überlebende zu finden. Alice folgt dem Konvoi, bereit an der Seite ihrer Mitstreiter gegen die lauernden Untoten und düsteren Machenschaften der "Umbrella Corporatio" zu kämpfen. Doch dies ist nicht Alices einziger Kampf: Genetisch manipuliert von Dr. Isaacs Experimenten, kann sie sich selbst nicht mehr trauen. Ihr letzter Ausweg ist, die "Umbrella Corporation" endgültig zu vernichten.

Um der sicheren Hinrichtung in einem ägyptischen Gefängnis zu entgehen, stimmt der Abenteurer und Fremdenlegionär Rick O'Connell 1923 zu, ein Forscherteam nach Hamunaptra, der mitten in der Wüste gelegenen berüchtigten Stadt der Toten, zu führen. Dort soll sich ein legendärer Schatz befinden, der Glücksritter wie Archäologen gleichermaßen anzieht. Bewacht werden die Reichtümer aber von einer Mumie, in der der Hohepriester Imhotep, die Inkarnation des Bösen, steckt...

Als Alice in einem Labor der Umbrella Corp. aufwacht ist sie mit dem T-Virus infiziert. Doch statt zu einem Zombie zu mutieren ist sie stärker, schneller und ihre Sinne sind außergewöhnlich scharf.Ausgerüstet mit diesen biogenetischen "Optimierungen" versucht Alice, zusammen mit der abtrünnigen Umbrella Agentin Jill, im verwüsteten Raccoon City zu überleben und der Stadt, den hungrigen Untoten, sowie Umbrella Soldaten zu entkommen. Wäre da nicht der Super-Mutant Nemesis...

Die Überreste von Imhotep und Anck-su-Numam werden nach London in ein Museum gebracht. Dort verweilen sie auch für zehn Jahre, und in der Zwischenzeit ziehen Rick und Evelyn ihren kleinen Jungen auf. Doch dann erwacht Anck-su-Numam aus ihrer Ruhe, denn sie ist hinter dem Kleinen her. Er soll der Schlüssel für die Wiedergeburt der ägyptischen Göttin Isis sein