In den letzten Szenen von "Sharknado 5: Global Swarming" ist Fin der einzige Überlebende, nachdem die Erde durch die Sharknados zerstört wurde. Nun muss Fin in Sharknado 6 durch die Zeit reisen, um den Sharknado zu verhindern, mit dem alles begann. Werden Fin und sein Team es schaffen, die Ordnung wiederherzustellen und die Welt ein weiteres Mal zu retten?

Im 28. Jahrhundert sorgen der Spezialagent Valerian und seine neue Partnerin Laureline für Recht und Ordnung in der gesamten Galaxis. Ihr neuester Auftrag, den sie von ihrem raubeinigen Kommandanten bekommen, führt die beiden ungleichen Gesetzeshüter in die gigantische Metropole Alpha, in der unzählige unterschiedliche Spezies aus verschiedensten Teilen des Universums zusammenleben. Mit der Zeit haben sich die Bewohner der Stadt so weit einander angenähert, dass sie all ihr Wissen vereint haben und dies zum Vorteil für alle nutzen. Allerdings kann sich längst nicht jeder mit den herrschenden Verhältnissen anfreunden. Einige schmieden insgeheim Pläne, die nicht nur Alpha, sondern die gesamte Galaxis ins Chaos stürzen könnten. Valerian und Laureline setzen daher alles daran, um das drohende Unheil abzuwenden.

Ein gigantischer Wirbelsturm, der vor der kalifornischen Küste einen Haischwarm erwischt und mit in die Luft gerissen hat, bewegt sich auf Los Angeles zu. Fin, der Eigentümer einer Surfer-Bar am Strand von Long Beach, muss entsetzt mit ansehen, wie der Sturm und ein schier unaufhörlicher Regen gigantischer weißer Haie seinen Lebenstraum zerstört. Zusammen mit seinem besten Freund Baz, seiner Freundin und dem alten Säufer George macht er sich daran, bewaffnet mit Kettensägen und Schrottflinten, seine Ex-Frau April und seine beiden Kinder vor diesen fliegenden Fressmaschinen zu schützen. Doch dies ist ein fast hoffnungsloses Unterfangen, da der Sturm auch das Meerwasser immer mehr in die Stadt hineingedrückt hat und die Gruppe sich nun auch noch vor den Haien, die durch die überfluteten Straßen schwimmen, schützen muss.