In naher Zukunft hat die Menschheit gewaltige technologische Fortschritte gemacht, aber dennoch ist Major die erste ihrer Art: Sie wurde nach einem schrecklichen Unfall in einen Cyborg mit übermenschlichen Fähigkeiten verwandelt, eine perfekte Waffe im Kampf gegen gefährliche Kriminelle überall auf der Welt. Und so ist Major auch am besten geeignet, gemeinsam mit ihrer Elite-Einsatztruppe Sektion 9 den skrupellosen Cyber-Terroristen Kuze aufzuhalten, dem es gelungen ist, sich in den Verstand von Menschen zu hacken und diese zu kontrollieren. Doch während der Jagd auf Kuze macht sie eine furchtbare Entdeckung: Die Wissenschaftler, die ihr angeblich das Leben gerettet haben, haben ihr in Wahrheit ihr Leben weggenommen. Fortan begibt sich Major auf die Suche nach den Verantwortlichen, um zu verhindern, dass andere dasselbe Schicksal erleiden müssen, und sie versucht gleichzeitig herauszufinden, wer sie vor ihrem Leben als Cyborg war...

Nachdem viele der X-Men gestorben sind und die Allianz der Kämpfer mit den übernatürlichen Kräften aufgelöst wurde, befindet sich Logan aka Wolverine in einer Situation, in der er von der Verantwortung gegenüber seinem alten Team entbunden ist. Auf der Suche nach einem Grund zu leben, begibt er sich in das moderne Japan. Dort trifft er sowohl ihm gut und schlecht gesonnene Menschen und muss sich fragen, wem er trauen kann. Neben Feinden wie Industriellen, Politikern, Frauen und Ninjas trifft er auch auf seinen Erzfeind: Kenuichio Harada, besser bekannt als Silver Samurai. Als Mutant kann er verschiedene Stoffe mit Energie beladen und so mit seinem Samurai-Stahl jede Materie durchdringen. Wolverine entdeckt zum ersten Mal, dass es etwas gibt, das ihn verwundbar macht und stößt an seine körperlichen und emotionalen Grenzen. In einem seiner schwierigsten Kämpfe stellt er sich seiner eigenen Unsterblichkeit.