Im 21. Jahrhundert gibt es nur noch einen sicheren Platz auf der Erde, da der Rest der Welt verseucht wurde: die Insel. Auch Lincoln Six-Echo wünscht sich nichts mehr als dort hinzukommen und den Rest seines Lebens glücklich zu verbringen. Doch stattdessen lebt er ein tristes Leben in einer kontrollierten Einrichtung, in der alle Bewohner diesen Wunsch hegen. Aber mit der Zeit schwindet die Hoffnung auf Besserung. Als Lincoln dann auch noch herausfindet, dass er und seine Mitbewohner Menschenklone sind, die den richtigen Menschen Ersatzkörperteile liefern sollen, hält ihn nichts mehr dort und er startet zusammen mit der hübschen Jordan Two-Delta einen Fluchtversuch. Beide kennen nur noch eins: Rache - Rache an den Menschen, die ihnen das alles angetan haben.

Zwei Jahre sind inzwischen vergangen, als Peter Parker von einer genmutierten Spinne gebissen wurde und sein Leben sich radikal verändert hat. Bei der Verbrechensbekämpferei lässt er sein College-Studium schleifen und verspätet sich permanent bei seinen beiden Jobs. Zu allem Überfluss muss Peter mit ansehen, wie Mary Jane im Gegensatz zu ihm ihr Leben meistert. Nun allerdings streckt ein neuer Bösewicht namens Dr. Octavius seine metallischen Tentakel nach der Zivilisation aus. Mit ihm ist nicht zu spaßen..

Peter Parker ist nicht gerade angesehen an seiner Uni, denn er ist schmächtig und ungeschickt, was seine Chancen beim Mädchen seiner Träume, Mary Jane nicht gerade erhöht. Als er eines Tages jedoch von einer genmanipulierten Spinne gebissen wird, wacht er am nächsten Morgen auf und findet seine Sinne geschärft vor und entwickelt auch weitere übermenschliche, aber sehr spinnenähnliche Fähigkeiten. Nachdem er damit zunächst sein Traummädchen beeindruckt hat, wächst er schon bald zu dem maskierten Helden Spider-Man heran, spätestens als ein Superschurke namens Grüner Kobold, der die Mr.Hyde-Variante des Wissenschaftlers Norman Osborn ist, die Stadt bedroht...