Als Leo Biederman, ein neues Objekt am Himmel entdeckt, ahnt er noch nicht, welche fatalen Folgen das für den ganzen Planeten haben wird. Er informiert seinen Professor über die Entdeckung, welcher sofort realisiert, dass der Komet mit der Erde kollidieren wird. Aber er kann die Informationen nicht weitertragen, da er bald darauf bei einem Autounfall ums Leben kommt. Erst ein Jahr später erkennt die Menschheit die Wahrheit, doch für eine Rettung scheint es mittlerweile zu spät

Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...