Nachdem der Nuklearwissenschaftler Joe Brody und sein beim US-Militär stationierter Sohn Ford herausfanden, dass der skrupellose Ichiro Serizawa nach einer Beinahe-Reaktorkatastrophe im japanischen Janjira an einer riesigen, urzeitlichen Kreatur herumexperimentiert, konnte gegen das "Muto" getaufte Wesen nur einer etwas ausrichten: Godzilla. Jetzt müssen die Krypto-Zoologen von Monarch allerdings einen Weg finden, gleich mit einer Reihe von Urzeit-Monstern fertig zu werden. Eine entscheidende Rolle dabei spielt die Paleo-Biologin Emma Russell (Vera Farmiga), die einen Weg gefunden hat, via Sonar mit den gigantischen Wesen zu kommunizieren. Neben Godzilla, mit dem vor allem Russells Ex-Ehemann Mark (Kyle Chandler) eine Rechnung offen hat, sind es vor allem dessen Feinde Mothra, Rodan sowie der dreiköpfige King Ghidorah, die den Lebensraum der Menschen für immer zerstören könnten ...

Seit 10 Jahren pendelt der Versicherungsmakler Michael MacCauley (Liam Neeson) jeden Tag aus seinem beschaulichen Vorort nach Manhattan und zurück. Doch als er nach einem harten Tag mal wieder in den ewig gleichen Zug einsteigt, ist alles anders. Die Fremde Joanna (Vera Farmiga) setzt sich zu ihm und verspricht ihm eine hohe Belohnung, wenn er für sie einen ganz bestimmten Passagier findet, der etwas sehr Wertvolles zu transportieren scheint. Michael erhält nur zwei Hinweise: Einen falschen Namen und den Zielbahnhof des Unbekannten. Als er zögert, macht Joanna ihm unmissverständlich klar: Sie hat nicht nur das Leben der Passagiere in ihrer Hand, sondern auch das von Michaels Familie. Michael ist Teil einer kriminellen Verschwörung geworden. Er kann nur mitspielen, oder einen Ausweg finden - und ihm bleibt nur eine Stunde Zeit.