Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Captain Jean-Luc Picard bekommt den diplomatischen Auftrag, mit den Romulanern Frieden zu schließen. Doch auf dem fremden Planeten angekommen sieht er sich mit seinem bösen, um 30 Jahre jüngeren Klon Shinzon konfrontiert, der sich vom Arbeitssklaven zum Anführer des Kriegervolks emporgeschwungen hat. Shinzon benötigt zum Überleben eine Gen-Transplantation von Picard, ehe er mit einer Waffe von gigantischer Zerstörungskraft daran gehen kann, alles Leben auf der Erde zu vernichten und die Föderation zu zerstören.

Sternzeit: 23. Jahrhundert. Als Ehrengast begleitet James T. Kirk, mittlerweile im Ruhestand, die Jungfernfahrt der neuen Enterprise B. Die Ereignisse überschlagen sich, als das Raumschiff in ein mysteriöses Energiefeld, dem Nexus, gerät. Bei dem waghalsigen Versuch, das Schiff zu retten, wird Kirk ins Weltall geschleudert. 78 Jahre später: Captain Luc Picard und die Crew der Enterprise D retten den Wissenschaftler Soran aus dem gleichen Energiefeld, das bereits der Enterprise B zum Verhängnis wurde. Doch Soran hat finstere Ziele, er plant die Zerstörung eines gesamten Sonnensystems. Picards letzte Hoffnung ist der Nexus...und ein legendärer Captain...