Wir schreiben das 23. Jahrhundert. Der junge James Tiberius Kirk ist ein Draufgänger, der keiner Kneipenschlägerei aus den Weg geht und bevorzugt mit dem Kopf durch die Wand marschiert. Der Heißsporn bewirbt sich auf Rat eines alten Freundes seines verstorbenen Vaters bei der Sternenflotten-Akademie der Föderation und findet in dem kauzigen Arzt Dr. Leonard "Pille" McCoy sogar gleich einen neuen Kumpel. Ansonsten macht sich der Frauenheld auf der Akademie eher Feinde. So wie den Halb-Vulkanier Spock, dem auffällt, dass Tiberius bei einer Prüfung gemogelt hat. Die beiden entwickeln sich zu erbitterten Rivalen, müssen ihre Feindseligkeiten jedoch aufgeben, als die U.S.S. Enterprise vom Stapel läuft und Captain Pike bei einer Mission von dem romulanischen Outlaw Nero gefangen genommen wird, der nur von einem Gedanken beseelt ist: Rache!

Captain Jean-Luc Picard bekommt den diplomatischen Auftrag, mit den Romulanern Frieden zu schließen. Doch auf dem fremden Planeten angekommen sieht er sich mit seinem bösen, um 30 Jahre jüngeren Klon Shinzon konfrontiert, der sich vom Arbeitssklaven zum Anführer des Kriegervolks emporgeschwungen hat. Shinzon benötigt zum Überleben eine Gen-Transplantation von Picard, ehe er mit einer Waffe von gigantischer Zerstörungskraft daran gehen kann, alles Leben auf der Erde zu vernichten und die Föderation zu zerstören.