Die humanoiden Schildkröten Leonardo, Michelangelo, Raphael, Donatello und ihr Meister, die humanoide Ratte Splinter, kämpfen gegen den bösen Shredder und seine Armee von Foot Soldiern. Unterstützt werden sie dabei von der furchtlosen Journalistin April O'Neil und ihrem Kameramann Vern Fenwick. Ihre wichtigsten Waffen sind dabei nicht nur ihre Ninja-Ausbildung samt Waffengebrauch, sondern auch ihr Witz und ihre tiefe brüderliche Verbundenheit, sowie die Energie, die sie aus ihrem täglichen Pizzaverzehr ziehen.

Die Vergangenheit droht Agent K einzuholen. Denn vor mittlerweile 40 Jahren hat er den gefährlichen Alien-Verbrecher Boris verhaftet, wobei dieser seinen Arm verlor. Seitdem sitzt Boris in einem geheimen Gefängnis am Mond und sinnt auf Rache. Doch mit Hilfe der hübschen Lilly gelingt Boris die Flucht und er macht sich rasch auf die Jagd nach K. Doch er will ihn nicht etwa einfach töten, sondern in die Vergangenheit reisen, K umbringen und gleichzeitig seinen Arm retten. Da K plötzlich wie vom Erdboden verschwunden ist und sich nur sein Partner Agent J an ihn erinnern kann scheint das unterfangen auch gelungen zu sein - doch J lässt das natürlich nicht auf sich sitzen, reist ebenfalls in die Vergangenheit und arbeitet mit dem jungen K zusammen um Boris aufzuhalten...

Darwin, Blaster und Suarez sind Agenten - allerdings keine normalen Agenten, denn dafür sind sie viel zu klein und haarig. Aber so ist das eben mit Meerschweinchen, denen man in einem FBI-Forschungslabor Übersetzungsmodule verpasst, damit sie mit Menschen kommunizieren können. Die Feuerprobe des Teams - das vom Maulwurf Speckles und der Stubenfliege Mooch ergänzt wird - besteht in der Infiltrierung des Küchengeräteherstellers Saber Industries. Dort soll die Crew Dateien von einem Computer stehlen. Die Tiere decken bei diesem ersten Einsatz eine Verschwörung namens "Cluster Storm" auf: In sämtlichen Kaffeemaschinen, Mikrowellen und Kühlschränken von Saber Industries verbergen sich hochgerüstete Kampfmaschinen, die die Menschheit zu vernichten drohen. Doch die G-Force kann das FBI nicht von der akuten Gefahr überzeugen. Schlimmer noch: Die Behörde plant die Auflösung der tierischen Einheit...