Eine gewaltige außerirdische Armee bedroht die Existenz der Erde. Die Invasion beginnt mit dem Auftauchen gigantischer Raumschiffe, die sich über den wichtigsten Zentren der Welt positionieren. Die bedrohliche Faszination schlägt schnell in unvorstellbare Panik um, als die Raumschiffe angreifen und bedingungslos zerstören. Nun liegt das Schicksal der Menschheit in den Händen der wenigen Überlebenden, die sich für den alles entscheidenden Kampf gegen die Invasoren bereit machen...

1000 Jahre sind vergangen, seitdem Naturkatastrophen die Menschen gezwungen haben, die Erde zu verlassen und den Planeten Nova Prime zu besiedeln. Nach einem ausgedehnten Kampfeinsatz kehrt General Cypher zurück nach Hause, um sich endlich um seinen 13-jährigen Sohn Kitai kümmern zu können. Ein Asteroidensturm beschädigt ihr Raumschiff, sie müssen auf der Erde notlanden. Um den sterbenden Vater zu retten, muss sich Kitai in die fremde Wildnis wagen und Hilfe organisieren.

Die Vergangenheit droht Agent K einzuholen. Denn vor mittlerweile 40 Jahren hat er den gefährlichen Alien-Verbrecher Boris verhaftet, wobei dieser seinen Arm verlor. Seitdem sitzt Boris in einem geheimen Gefängnis am Mond und sinnt auf Rache. Doch mit Hilfe der hübschen Lilly gelingt Boris die Flucht und er macht sich rasch auf die Jagd nach K. Doch er will ihn nicht etwa einfach töten, sondern in die Vergangenheit reisen, K umbringen und gleichzeitig seinen Arm retten. Da K plötzlich wie vom Erdboden verschwunden ist und sich nur sein Partner Agent J an ihn erinnern kann scheint das unterfangen auch gelungen zu sein - doch J lässt das natürlich nicht auf sich sitzen, reist ebenfalls in die Vergangenheit und arbeitet mit dem jungen K zusammen um Boris aufzuhalten...