Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.

Die letzte Schlacht gegen die Maschinen kämpfen Neo, der Auserwählte, Rebellionsführer Morpheus und ihre Verbündeten - ein Krieg, der in den Ruinen der realen Welt geführt wird, der das Schicksal der Menschheit besiegelt und dessen Sieg in den Händen von Neo liegt, der seinerseits eine Reihe von Überraschungen zu erwarten hat.