Während eines Treffens wird der Vorsitzende der geheimen Diebesgilde "The Works" umgebracht und das unbezahlbare Collier von Kleopatra geklaut. Meisterdieb Lupin schwört daraufhin, den Mord an seinem einstigen Mentor zu rächen und das wertvolle Halsband zurückzustehlen. Unterstützt wird er dabei vom schwertschwingenden Samurai Goemon, dem schweigsamen Meisterschützen Jigen und der unberechenbaren Femme fatale Fujiko. Auf der weltumspannenden Suche nach den Drahtziehern und dem Schmuckstück dicht auf Lupins Fersen: Inspektor Zenigata, der davon besessen ist, Lupin endlich zur Strecke zu bringen!

Im Jahr 2020 sind die Staaten der Welt in Ost- und Westzugehörigkeit eingeteilt. Im Westen herrscht eine despotische Königin, die mit skrupelloser Hand regiert. Die junge Shiori Genpou, verwaiste Nachfahrin einer angesehenen Aristokratenfamilie, arbeitet als Spionin im Auftrag der Königin des Westens. Seit ihre Eltern vor zehn Jahren ermordet wurden, muss sie sich als Junge ausgeben, um deren Erbe antreten zu können und eine Chance auf eine berufliche Karriere zu haben. Als "Kiyoharu" sucht sie nach den Männern, die für den Tod ihrer Eltern verantwortlich sind. Hilfe bekommt sie dabei von dem Dämon Sebastien Michaels, der auch als Black Butler bekannt ist. Doch die Hilfe des erbarmungslosen Kämpfers hat ihren Preis: Er fordert Shioris Seele im Tausch für seine Dienste.