Dr. Elizabeth Weir und ihr Team gehen auf eine gefährliche Mission mit ungewissem Ausgang, um die sagenumwobene Stadt Atlantis zu finden. Doch das Ziel befindet sich so weit weg, dass die Energie nicht für eine Rückkehr reicht. In einer von der Erde unermesslich weit entfernten Galaxis stoßen sie auf technische Wunderwerke, neue Verbündete - aber auch auf einen neuen, schrecklichen Feind...