Am 16. September 2005 taucht eine außerirdische Sonde vor einem Frachter auf und sendet ein Hochfrequenzsignal aus. Ein Großteil der Besatzung stirbt dadurch. Die Überlebenden verändern sich und werden stärker und widerstandsfähiger. Sie sind von dem Impuls getrieben, weitere Menschen zu infizieren indem sie zunächst das Aliensignal verwenden, später auch mit Hilfe manipulierter Nahrungsmittel. Um diese Bedrohung zu stoppen, wird die Organisation Threshold unter der Leitung von Dr. Molly Anne Caffrey ins Leben gerufen. Mit Hilfe von verschiedenen Spezialisten versucht sie, die Invasion zu stoppen.

Jake Green kommt nach einer mehrjährigen Abwesenheit wieder in seine ländliche kleine Heimatstadt Jericho, um einige Dinge zu regeln. Kurz nachdem er den Ort verlässt, erscheint ein gigantischer Atompilz in der Gegend von Denver. Abgeschnitten von jeglicher Kommunikation zur Außenwelt, ohne zu wissen, was passiert ist, und ohne weitere Unterstützung, sind alle Bewohner von Jericho auf sich gestellt.

Jake Green kommt nach einer mehrjährigen Abwesenheit wieder in seine ländliche kleine Heimatstadt Jericho, um einige Dinge zu regeln. Kurz nachdem er den Ort verlässt, erscheint ein gigantischer Atompilz in der Gegend von Denver. Abgeschnitten von jeglicher Kommunikation zur Außenwelt, ohne zu wissen, was passiert ist, und ohne weitere Unterstützung, sind alle Bewohner von Jericho auf sich gestellt.