Der Film entführt uns auf eine Insel, die ausschließlich von glücklichen, flugunfähigen Vögeln bewohnt wird - oder zumindest fast. In diesem Paradies gehörten Red, ein Vogel mit der Neigung zu cholerischen Wutausbrüchen, der blitzschnelle Chuck und der unberechenbare Bombe schon immer zu den Außenseitern. Doch als die Insel eines Tages von mysteriösen grünen Schweinchen besucht wird, liegt es an diesen drei Ausgestoßenen, die unterschiedlicher nicht sein könnten, herauszufinden, was die Schweine im Schilde führen.

Durch eine Verkettung unglücklicher Umstände kommt es den Chipmunks zu Ohren, dass Dave seiner neuen Freundin in New York einen Heiratsantrag machen will. Durch ein Missverständnis glauben die drei singenden Nager plötzlich, dass Dave seine drei tierischen Freunde gegen eine feste Beziehung mit seiner Angebeteten eintauschen - sie also loswerden - will. Kurzerhand begeben der mutige Alvin, der schlaue Simon und der kleine Theodore sich also auf einen dreitägigen Road Trip nach New York City, um die drohende Verlobung zu verhindern.

Die frohen Tage des Königreichs Dor sind nur noch ferne Erinnerung. Es herrscht Hoffnungslosigkeit bis Mäuserich Despereaux Tilling geboren wird: Er will kein Leben in Angst und Schwäche führen und fühlt sich seiner Winzigkeit zum Trotz zu Höherem berufen. Prompt verbannt man ihn aus der Gemeinschaft. Fortan will er Prinzessin Pea retten und findet dafür Gesinnungsgenossen: die gutherzige Ratte Roscuro und das Bauern-Mädchen Miggery Sow.