In ihrem neuen Abenteuer möchten Alex, Marty, Melman und Gloria die Insel Madagaskar, wo sie nach einer längeren Odyssee gestrandet waren, verlassen, und wieder zurück "nach Hause" in den Zoo im New Yorker Central Park. Die Pinguine machen ein altes Flugzeugwrack wieder flott und die Heimreise kann beginnen. Auch mit an Bord gehen die Schimpansen Mason und Phil sowie King Julien und sein Privatsekretär Maurice. Es glückt zwar der Start des mit Klebeband geflickten Flugzeugs, aber weiter als bis nach Afrika schaffen sie es nicht und landen mit einem harten Aufprall mitten in der Steppe. Alex und seine Freunde treffen diesmal nicht nur auf Artgenossen, sondern sogar auf die eigene Familie und geraten mitten in ein neues turbulent-witziges Abenteuer ...

Der Museumsangestellte Ted wird auf eine Expedition ausgesandt, um eine alte und sehr wertvolle Statue im afrikanischen Dschungel zu finden und in die Großstadt zu bringen, um dort seinen Arbeitgeber zu sanieren. Er findet die Statue, wenn es auch nicht ganz die ist, die er bringen sollte und noch etwas anderes: einen neugierigen kleinen Affen. Der folgt ihm durch seltsame Umstände bis auf sein Schiff, wo sich Ted mit dem Affen anfreundet und ihn George nennt. George ist äußerst neugierig und als sie wieder in der Heimat angekommen ist, löst das Tierchen eine Reihe von turbulenten Abenteuern aus ...