Der Film entführt uns auf eine Insel, die ausschließlich von glücklichen, flugunfähigen Vögeln bewohnt wird - oder zumindest fast. In diesem Paradies gehörten Red, ein Vogel mit der Neigung zu cholerischen Wutausbrüchen, der blitzschnelle Chuck und der unberechenbare Bombe schon immer zu den Außenseitern. Doch als die Insel eines Tages von mysteriösen grünen Schweinchen besucht wird, liegt es an diesen drei Ausgestoßenen, die unterschiedlicher nicht sein könnten, herauszufinden, was die Schweine im Schilde führen.

Tief im Wald, im Herzen der Wildnis, tobt seit ewigen Zeiten ein Krieg zwischen den Kräften des Guten und den dunklen Mächten des Bösen, ausgetragen von Schnecken, Vögeln und Insekten, winzigen Waldmenschen und brutalen Kriegern. Die Menschen bekommen nichts von diesen Kämpfen mit. Doch durch einen Zauber wird das junge Teenager-Mädchen Mary Katherine mitten in dieses verborgene Reich transportiert. Mary ist die Tochter eines verrückten Professors, der skurrilen Experimenten und Forschungen nicht abgeneigt ist. Ihr Vater hatte schon immer eine Ahnung, dass die Menschen die Welt nicht alleine bewohnen. In der Welt der Waldbewohner gefangen, gerät Mary Katherine zwischen die Fronten und muss sich mit einem bunt zusammengewürfelten Haufen voller skurriler und fantastischer Wesen zusammentun, um dieses verborgene Reich zu retten - denn davon hängt auch das Schicksal unserer Welt ab.