Manny, Diego und Sid erleben ihr bisher größtes Abenteuer, als ein Kataklysmus gewaltige Stücke ihres Kontinents in den Ozean abdriften lässt. Vom Rest der Herde getrennt, nutzen sie einen Eisberg als notdürftigen Schiffersatz. Dabei begegnen die Freunde allerlei exotischen Meeresbewohnern und bekämpfen rücksichtlose Piraten.

Die kleine, etwas unbeholfene Meeresschildkröte Sammy wird eher durch Zufall zum Helden, als er die niedliche Artgenossin Shelly aus den Fängen einer gefräßigen Möwe befreit. Doch das Schicksal meint es nicht gut mit den beiden. Sie verlieren sich in den unendlichen Weiten des Ozeans aus den Augen. Nach zahlreichen Abenteuern mit seinem Kumpel Ray in einer Hippie-Kommune und auf einem im Eismeer entsorgten Kühlschrank darf Sammy seine Shelly am Ende dann doch überglücklich in seine Flossen schließen.